Setelah melakukan pengecekan merek, UMKM harus melakukan permohonan pendaftaran merek kepada menteri melalui Direktorat Jenderal Kekayaan Intelektual Kementerian Hukum dan HAM secara elektronik atau nonelektronik dengan datang langsung ke DJKI. Permohonan ini dapat diajukan oleh pemohon atau kuasanya.

Apabila permohonan dilakukan melalui kuasa, jangan lupa untuk membuat surat kuasa serta melampirkannya. Selain surat kuasa, pelaku usaha juga harus melampirkan dokumen lain yang terdiri dari :

• Identitas Pemohon (KTP jika diajukan perorangan, salinan Akta, SK pendirian badan usaha, KTP Direktur Utama apabila diajukan atas nama badan usaha).
• Etiket/Label Merek.
• Surat kuasa jika permohonan diwakilkan.
• Surat Rekomendasi UKM Binaan atau Surat Keterangan UKM Binaan Dinas (Asli) dan Surat Pernyataan UMK Bermaterai (khusus pemohon Usaha Mikro dan Usaha Kecil).
• Bukti yang menunjukkan nama negara serta tanggal permintaan merek yang pertama kali didaftarkan dalam hal permohonan diajukan dengan hak prioritas.

Permohonan yang telah memenuhi persyaratan diatas akan menerima tanggal penerimaan. Dalam waktu 15 hari setelah tanggal penerimaan akan dilakukan pemeriksaan formalitas. Jika sudah lengkap maka pengumuman permohonan dalam berita resmi merek akan dilakukan selama 2 bulan. Selama jangka waktu tersebut, setiap pihak dapat mengajukan keberatan jika terdapat alasan yang cukup disertai bukti bahwa merek yang dimohonkan pendaftarannya adalah merek yang berdasarkan peraturan tidak dapat didaftar atau harus ditolak.

Kriteria merek yang tidak dapat didaftar tercantum di dalam Pasal 20 UU Merek, sedangkan kriteria merek yang harus ditolak terdapat di dalam Pasal 21 UU Merek. Apabila dalam jangka waktu 2 bulan pengumuman tersebut tidak ada pihak yang mengajukan keberatan maka permohonan pendaftaran merek akan masuk ke tahap selanjutnya, yaitu pemeriksaan substantif.

Menurut Permenkumham No. 12 Tahun 2021, pemeriksaan substantif berlangsung paling lama 30 hari. Dalam pemeriksaan substantif akan diputuskan apakah permohonan merek dapat didaftar atau tidak. Jika bisa, DJKI akan mendaftarkan merek tersebut dan memberitahukan pendaftaran merek kepada pemohon atau kuasanya. Setelah didaftarkan, sertifikat merek akan diterbitkan dan diberikan kepada pemohon atau kuasanya. DJKI juga akan melakukan pengumuman pendaftaran merek dalam berita resmi merek.